Thomsonit findet sich in vielen verschiedenen Ausbildungsformen und Paragenesen. Am häufigsten sind kleine auf  Phillipsit aufgewachsene Kugeln, die aus vielen rechteckig begrenzten dünnen Blättchen bestehen . Seltener sind die einzelnen Kristalle so dick ausgebildet, daß flach quadratische, sechs- oder achteckige Endflächen (0 0 1) zu erkennen sind. Auf diesen Kristallaggregaten ist oft feinfaseriger Thomsonit weitergewachsen. In den halbkugelförmigen Kristallaggregaten, die in Nachbarhohlräumen der erstgenannten Gismondinparagenese zu finden sind, sind die einzelnen Kristalle meist etwas größer ausgebildet und deutlicher zu erkennen.

Besenförmige Kristallbüschel aus feinen Kristallfasern erwiesen sich ebenfalls als Thomsonit.

Auf Phillipsit und  Chabasit aufgewachsen finden sich radialstrahlig aufgebaute Thomsonitkugeln mit glatter Oberfläche. Einzelne Kristalle sind hier nicht mehr zu erkennen.

Sehr interessant sehen auch aus spitz zulaufenden Thomsonit'würmchen' aufgebaute Aggregate aus, in denen man manchmal kleine Figuren zu erkennen glaubt.